L’APPQ regroupe des psychothérapeutes se rattachant aux idées et manières de faire élaborées par Sigmund Freud, ses collègues et leurs successeurs tout au long du siècle écoulé depuis les premières œuvres de Freud.

La psychothérapie psychanalytique, qu’offrent les membres de l’Association, a été élaborée à partir de cette conception de l’humain et de cette méthode.
Il s’agit d’une entreprise où deux personnes, le thérapeute et son patient/client, cherchent ensemble par la parole, de préférence à toute autre voie, à trouver-créer un sens aux diverses facettes et manifestations du mal-être qui amènent le patient à consulter. Ce qui se produit dans la relation thérapeutique est considéré et examiné comme un reflet, dans le présent, de la vie et des enjeux particuliers du patient ( : telle est la portée de la notion de transfert). - Ou, pour reprendre le mot de Miron, un reflet de cette « maison » qui s’est construite plus ou moins à notre insu. 
Le thérapeute guide le travail par-delà la relation inter-subjective, en centrant  les élaborations sur la seule « réalité psychique » du patient, c’est-à-dire, sur ce nœud de désirs et de fantasmes inconscients dont la résistance et la cohérence sont comparables à celle de la réalité matérielle. Le travail sur les enjeux et les conflits profonds de la personne a pour effet de clarifier et de relâcher ce nœud silencieux à la base même  de son être.

En tant que psychanalytique, la psychothérapie portant ce qualificatif se distingue par ailleurs des autres formes de psychothérapie ayant cours au Québec ou ailleurs en Occident.
Ainsi, tout en reposant sur une conception rationnelle et scientifique de l’être humain et de son fonctionnement, elle ne fait pas prioritairement appel, comme le font les thérapies cognitivo-comportementalistes, à la volonté et à la rationalité des patients. Elle ne comporte pas non plus de plan de « remplacement » de pensées et de croyances. Elle se démarque aussi des thérapies issues du courant « humaniste » par l’accent mis sur le transfert et sur la recherche d’éléments psychiques inconscients.

La différence entre la psychothérapie psychanalytique et la psychanalyse est souvent ténue, puisque l’une et l’autre ont en commun le même corpus théorique et la même forme d’écoute : une attention portée sur les dits et les non-dits considérés comme échos d’un inconscient toujours à déchiffrer. La psychothérapie psychanalytique se distingue toutefois de la psychanalyse par le cadre : un rythme moins intensif, le face à face plutôt que le divan et une présence relationnelle plus usuelle entre  thérapeute et patient.

Les  membres de l’Association répondent à des critères exigeants. Leur compétence repose sur un travail psychanalytique personnel soutenu et sur une formation clinique et théorique substantielle.